המרכז לפוריות מאלף ועד טף נוקט בכל האמצעים לאבטחת הסודיות הרפואית. כל מידע הנמסר באתר נשמר אך ורק לצורך רפואי ולא יועבר לצד שלישי ללא אישור מוסר המידע בכתב. הרשומות הרפואיות נשמרות בשרתי החברה הממוקמים במרכז פוריות מאלף ועד טף ומוגנים בפני חדירת בלתי מורשים. המרכז לפוריות מאלף ועד טף עושה מאמצים רבים לשמור על הסודיות הרפואית עפ"י חוק זכויות החולה.
